Le risque d'infection dépend de plusieurs facteurs parmi lesquels interviennent principalement la dose de microorganismes ingérée (dose minimale infectante spécifique à chaque germe), la virulence de ces microorganismes, mais aussi l'état immunitaire du consommateur.
Les salmonelles sont les bactéries le plus souvent évoquées dans le cadre de contamination bactérienne de coquillages. Néanmoins, d'autres bactéries pathogènes et virus (virus entériques) sont véhiculés par les coquillages : Shigella, Escherichia coli entéropathogènes, Yersini enterocolitica, Vibrio cholérae, Vibrio parahaemalyticus… Ces différents germes provoquent essentiellement des troubles gastroentériques.

On classe également dans ce type de risques aigus, les dangers liés aux phycotoxines. Quelques dizaines d'espèces de microalgues marines essentiellement des dinoflagellés, sont capables de synthétiser des toxines. Celles-ci provoquent des troubles de nature et d'intensité variables selon les espèces responsables. On soulignera principalement les différentes espèces de Dinophysis responsables d'intoxications diarrheiques. D'autres espèces telles Alexandrium ou Gymnodinium produisent des toxines très virulentes provoquant des symptômes d'empoisonnement paralytique.

Si la notion de risque microbien est facile à établir en raison des effets pathologiques immédiats qu'engendrent ces microorganismes, les dangers liés à l'accumulation de contaminants chimiques sont encore difficiles à apprécier en raison de leur action à long terme (risque chronique) et de la multiplicité des sources d'exposition pour l'homme (ration alimentaire, atmosphère respirée…).

Certains de ces micropolluants existent à l'état naturel dans différents milieux et notamment dans l'eau de mer, c'est le cas des métaux. Leurs concentrations peuvent être accrues par les apports liés à l'activité humaine. Certains métaux tels que le zinc, le cuivre, etc, s'intègrent dans la catégorie des oligo-éléments et sont nécessaires en faible quantité au métablisme des organismes vivants (animaux, végétaux ou humains). D'autres métaux tels que le plomb, le cadmium et le mercure n'ont pas ce caractère indispensable et sont considérés exclusivement comme toxiques. Ce sont ceux suivis dans le cadre du réseau.

Les hydrocarbures aromatiques (HPA) sont quant à eux d'origine naturelle ou artificielle. Ils se retrouvent dans tous les biotopes et présentent un fort pouvoir cancérigène.

De nombreuses molécules sont en revanche uniquement liées aux rejets des activités anthropiques. Il s'agit notamment de la plupart des polluants organiques (PCB, DDT,…). Ils peuvent présenter des rémanences et des toxicités élevées pour la faune marine puis le consommateur.